Vanspor, 1993-94 sezonunda 1. Lig'e yükseldi. 4 sezon bu ligde mücadele eden ve 1997 yılında rengini mavi-beyaz olarak değiştiren kulüp, 1997-98 sezonunda sonuncu olarak 2. Lig'e düştü. Ertesi sezon yeniden 1. Lig'e çıktı. 1999-2000 sezonunda 2. lig'e düştü. 2000-2001 sezonundan sonra 2. Lig B Kategorisi'ne kabul edilen kulüp, 2001-2002 sezonunda 3. Lig'e, ertesi sezon da amatör lige düştü. Amatör ligde kulübe Van İl Özel İdaresi'nin sahip çıkması sonucu kulübün ismi değiştirilerek İl Özel İdare