1980'li yılların başında bunalıma giren Altay 1982-83 sezonunda ligdeki 25. sezonunda ilk kez küme düşmüş, bir yıl aradan sonra tekrar 1. Lige yükselmiştir. 1989-90 sezonunda ikinci kez küme düşen Altay yine bir sezon aradan sonra 1. Lige yükselmiştir. 1990'lı yılların sonunda İzmir takımlarının futbolda girdikleri kriz Altay'ı da etkilemiş ve siyah-beyazlı takım 1999-2000 sezonunda küme düşmüştür. 2002-03 sezonunda bir kez daha 1. Ligde boy gösteren takım aynı sezon küme düşmüş ve bir daha yüks