Malatyaspor, 1983-1984 sezonu sonunda namağlup olarak 2. Lig'de şampiyon olarak 1. Lig'e çıktı. 1987-1988 sezonunda 1. Lig'deki en iyi derecesini yaparak ligi 3. sırada tamamladı. Ancak, 1989-1990 sezonu sonunda 1. Lig'den 2. Lig'e düştü. 11 sezon 2. Lig'de mücadele ettikten sonra, 2000-2001 sezonu sonunda terfi maçları sonucunda tekrar 1. Lig'e çıktı. 2004 yılında UEFA Kupası'nda mücadele eden takım İsviçre'nin FC Basel takımını deplasmanda 2-1 mağlup etmiş, deplasman golü kuralıyla elendi. 20