Bakırköyspor'un Süper Lig'de oynadığı sezonlarda lig, 16 takımdan oluşuyordu. Ligi; 1990-1991 sezonunda 6. 1991-1992 sezonunda 11. olan kulüp, 1992-1993 sezonunu 14. olarak bitirmiş ve küme düşmüştür. Değişen futbol şartları bir semt takımının üst liglerde tutunmasını zorlaştırdığından, Bakırköyspor 1992-1993'te ikinci, 2000-2001 sezonunda da üçüncü lige düştü.