Pirlo'nun asıl İtalyan futboluna damga vurması 2001'de Milan'a transferiyle başladı. İtalyan orta saha oyuncusu, kırmızı-siyahlı ekiple ikişer İtalya Birinci Futbol Ligi (Serie A), UEFA Şampiyonlar Ligi ve UEFA Süper Kupa zaferi yaşadı.