Almanya'da düzenlenen 2006 FIFA Dünya Kupası, kariyerinin ilk Dünya Kupası oldu. 3 grup maçında da sahaya ilk 11'de çıkan futbolcu, Ekvator'a bir gol attı. Son 16'ya kalan Almanya'nın rakibi İsveç oldu. Almanya maçı 2-0 kazanırken, galibiyeti getiren goller 4. ve 12. dakikada Podolski'den gelmişti. Çeyrek finalde rakipleri Arjantin oldu. Podolski, normal sürede gol bulamasa da penaltılara giden maçta kendi penaltısını gole çevirdi. Almanya, rakibini penaltılarla geçmeyi başardı. Ancak yarı final