2016-2017 sezonunda Şampiyonlar Ligi'nde yer alan siyah-beyazlı ekip, grubu üçüncü tamamlayarak yoluna UEFA Avrupa Ligi'nde devam etti. Beşiktaş, Güneş yönetiminde çeyrek finale kadar yükselirken, Fransa'nın Olympique Lyon ekibine penaltılar sonucunda elendi.