Avrupa'da iki kez mücadele etti. Gençlerbirliği, 2003-2004 ve 2004-2005 sezonlarında o zamanki adıyla UEFA Kupası'nda mücadele etti. Teknik direktör Ersun Yanal yönetiminde 2003-2004 sezonunda çok başarılı bir performans sergileyen kırmızı-siyahlılar, 4. tura kadar yükseldi.