Türkiye Kupası'nı 2 kez kazandı. Kırmızı-siyahlı takım, 5 kez final oynadığı Türkiye Kupası'nda 2 kez kupayı kazanma başarısı gösterdi. Başkent ekibi, 1986-1987 sezonunda çift maç üzerinden oynanan final sonunda kupayı müzesine götürdü. İlk maçta sahasında Eskişehirspor'u 5-0 yenen Gençlerbirliği, ikinci maçı 2-1 kaybetmesine karşın kupada mutlu sona ulaştı.